1. 將顯微鏡放置在實驗室的水槽或窗戶邊，潮濕和灰塵都是顯微鏡的殺手，因放置的方式和地方選擇的不對，都會的縮短顯微鏡使用壽命。
2. 顯微鏡初學者對其基本的原理和構造了解甚少，粗暴的造作也會是顯微鏡易損的致命傷。如：經常搬動，取放時用力過猛，調焦時用力升降調焦系統，不能正確的調節焦距和瞳孔距等等。
3. 高倍鏡頭的工作距離通常都非常短，如操作不當也會損傷高倍鏡。如：有操作者用完100X油鏡頭時不擦干凈或不擦，都是不好的使用習慣。
4. 在轉換物鏡時，經常有操作者直接轉動物鏡頭，殊不知此操作會影響光軸的同軸和齊焦。正確使用方法是應轉動物鏡轉換器，得到想要的觀察物鏡。
5. 將聚光鏡或視場光欄開得過大或過小，還將其位置調整得過高或過低，都不能得到分辨率和銳利度顯微圖像。總之要用好顯微鏡得到顯微圖像，應多了解和觀察，這樣才能讓您成為微觀的高手。
顯微鏡的維護
1、經常性的維護
(1)防潮如果室內潮濕，光學鏡片就容易生霉、生霧。鏡片一旦生霉，很難除去。顯微鏡內部的鏡片由于不便擦拭，潮濕對其危害性大。機械零件受潮后，容易生銹。為了防潮，存放顯微鏡時，除了選擇干燥的房間外，存放地點也應離墻、離地、遠離濕源。顯微鏡箱內應放置1～2袋硅膠作干燥劑。并經常對硅膠進行烘烤。在其顏色變粉紅后，應及時烘烤，烘烤后再繼續使用。
(2)防塵光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大后，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，必須經常保持顯微鏡的清潔。
(3)防腐蝕顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如硫酸、鹽酸、強堿等。
4)防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。
2、光學系統的擦拭
平時對顯微鏡的各光學部分的表面，用干凈的毛筆清掃或用擦鏡紙擦拭干凈即行。在鏡片上有抹不掉的污物、油漬或手指印時，鏡片生霉、生霧以及長期停用后復用時，都需要先進行擦拭再使用。
(1)擦拭范圍 目鏡和聚光鏡允許拆開擦拭。物鏡因結構復雜，裝配時又要儀器來校正才能恢復原有的精度，故嚴禁拆開擦拭。
拆卸目鏡和聚光鏡時，要注意以下幾點：
a、小心謹慎。
b、拆卸時，要標記各元件的相對位置(可在外殼上劃線作標記)、相對順序和鏡片的正反面，以防重裝時弄錯。
c、操作環境應保持清潔、干燥。拆卸目鏡時，只要從兩端旋出上下兩塊透鏡即可。目鏡內的視場光欄不能移動。否則，會使視場界線模糊。聚光鏡旋開后嚴禁進一步分解其上透鏡。因其上透鏡是油浸的，出廠時經過良好的密封，再分解會破壞它的密封性能而損壞。
2.擦拭方法先用干凈的毛筆或吹風球除去鏡片表面的灰塵。然后用干凈的絨布從鏡片中心開始向邊緣作螺旋形單向運動。擦完一次把絨布換一個地方再擦，直至擦凈為止。如果鏡片上有油漬、污物或指印等擦不掉時，可用柳枝條裹上脫脂棉，蘸少量酒精和**混合液(酒精80%，**20%)擦拭。如果有較重的霉點或霉斑無法除去時，可用棉簽蘸水潤濕后粘上碳酸鈣粉(含量為99%以上)進行擦拭。擦拭后，應將粉末清除干凈。鏡片是否擦凈，可用鏡片上的反射光線進行觀察檢查。要注意的是，擦拭前一定要將灰塵除凈。否則，灰塵中的砂粒會將鏡面劃起溝紋。不準用毛巾、手帕、衣服等去擦拭鏡片。酒精**混合液不可用的太多，以免液體進入鏡片的粘接部使鏡片脫膠。鏡片表面有一層紫藍色的透光膜，不要誤作污物將其擦去。
3、機械部分的擦拭
表面涂漆部分，可用布擦拭。但不能使用酒精、**等有機溶劑擦，以免脫漆。沒有涂漆的部分若有銹，可用布蘸汽油擦去。擦凈后重新上好防護油脂即可。
機械裝置故障的排除
1、粗調部分故障的排除
粗調的主要故障是自動下滑或升降時松緊不一。所謂自動下滑是指鏡筒、鏡臂或載物臺靜止在某一位置時，不經調節，在它本身重量的作用下，自動地慢慢落下來的現象。其原因是鏡筒、鏡臂、載物臺本身的重力大于靜摩擦力引起的。解決的辦法是增大靜摩擦力，使之大于鏡筒或鏡臂本身的重力。
對于斜筒及大部分雙目顯微鏡的粗調機構來說，當鏡臂自動下滑時，可用兩手分別握往粗調手輪內側的止滑輪，雙手均按順時針方向用力擰緊，即可制止下滑。如不湊效，則應找專人員進行修理。
鏡筒自動下滑，往往給人以錯覺，誤認為是齒輪與齒條配合的太松引起的。于是就在齒條下加墊片。這樣，鏡筒的下滑雖然能暫時止住，但卻使齒輪和齒條處于不正常的咬合狀態。運動的結果，使得齒輪和齒條都變形。尤其是墊得不平時，齒條的變形更厲害，結果是一部分咬得緊，一部分咬得松。因此，這種方法不宜采用。
此外，由于粗調機構長久失修，潤滑油干枯，升降時會產生不舒服的感覺，甚至可以聽到機件的摩擦聲。這時，可將機械裝置拆下清洗，上油脂后重新裝配。
2、微調部分故障的排除
微調部分的故障是卡死與失效。微調部分安裝在儀器內部，其機械零件細小、緊湊，是顯微鏡中精細復雜的部分。微調部分的故障應由專業技術人員進行修理。沒有足夠的把握，不要隨便亂拆。
3、物鏡轉換器故障的排除
物鏡轉換器的主要故障是定位裝置失靈。一般是定位彈片損壞(變形、斷裂、失去彈性、彈片的固定螺釘松動等)所致,更換新彈片時，暫不要把固定螺釘旋緊，應按本節“三(二)2”先作光軸校正。等合軸以后，再旋緊螺絲。若是內定位式的轉換器，則應旋下轉動盤中央的大頭螺釘，取下轉動盤，才能更換定位片，光軸校正的方法與前面相同。
調整時，首先用螺絲刀把雙眼螺母中間的駐螺2退出1～2圈，軸承墊圈3是與駐螺2壓緊配合的，因此，也會跟著它一起退出，并脫離齒桿10的端面。然后，用雙眼螺母扳手把雙眼螺母1向調節座5旋進。同時，用另一只手轉動手輪，進行試驗，直到升降機構松緊合適，又能停留在任意位置上時，才停止雙眼螺母的旋進。后，再把駐螺旋入，使軸承墊圈接觸齒桿10就行了。
這樣調整之所以能夠排除故障，是因為調節座5的內孔是錐形的。錐形軸套4在軸向有槽口，。當雙眼螺母1向里旋進時，將錐形套向里頂，使錐形套在前進時，槽口變小，內孔收縮，將齒桿10夾得更緊，加大了齒輪轉動的摩擦阻力，從而制止自動下降。